Yo te recomendaría, además de lavar bien las fundas como supongo que ya habrás hecho, que con una esponja y una disolución de agua con amoníaco (volvone es un producto que yo utilizo mucho www.volvone.es )y frotes bastante para evitar posibles malos olores. Tras esto airear el colchón sin funda hasta que notes que está totalmente seco, y esto último es muy importante, ya que como quede algún resto de humedad, pueden salirle hongos y consecuentemente manchas y malos olores a tu colchón.